光麗国（こうらいこく）の都・大明（たいめい）では、奇妙な火の玉――鬼火が目撃されるという怪奇事件が起きていた。やがて民衆の間で、身分の低い母を持つ現皇帝が即位したことへの天の怒りであると噂がたち始める。事態を重く見た皇帝は、有能な錬金術師を探すため側近の官吏・天佑（てんゆう）に東明（とうめい）に向かうよう命じた。
そこで天佑が出会ったのは、少年の格好をした錬金術師の少女・玲燕（れいえん）だった。
天佑の依頼を受けた玲燕は、錬金術の知識で鬼火の謎を解き明かすため、後宮へ潜入することになるのだが――！？
錬金術×後宮ミステリー開幕です！