かつて高度な科学技術を持ち、特殊スーツ＜武殻（タロア）＞を使い太平洋に君臨した 超古代文明の島「プロトゥ」を巡る争いに巻き込まれた中学２年生の城原真都。 真都は、その島から＜武殻＞を奪い帰還した日滝、島の調査に向かい行方不明となった兄を 案ずる同級生のかがり、そのかがりと結合してしまった人工妖精パニと共に、 日本に遺された島の手がかりを探すことになる。 敵対勢力からかがりを守るため、＜武殻＞を装着することにした真都の試練ははじまったばかり…。