謎の敵による流星群によって男子の出生率が極端に低下し、滅亡確定まであと２年しか残されていない危機的状況に直面した人類…普通の少女・モエナは、なかば騙されるように学園型宇宙戦艦「聖モエスの方舟」に乗り込み、敵と戦うハメになる。当初、メンバーは女子のみと思われていたが、その後男子生徒も合流して、方舟はようやく態勢が整い、広大な宇宙空間に敵の存在を探し求める。しかし、なぜか方舟の位置は常に敵に把握されていて、攻撃が相次ぐ。なんとか冥王星付近までたどり着いたものの、人語を操り、こちらの攻撃をすべて反射してくる最強の敵宇宙船に襲われた方舟。その戦闘によって判明した驚愕の事実を確かめるべく方舟は太陽系を旅立ち…!!　そして今、人類は、初めて光の速さを超える!!