ある殺人事件の解明のため、長野県警・大和警部の要請で小五郎と共に長野へ向かったコナン。だが「赤い壁」の謎を読み解くことが出来ないまま、第2の事件が発生、更に所轄の高明警部も襲われてしまう。その時送られてきたメッセージ「死せる孔明」とは…？　その後病院で発した蘭の一言から赤い壁の謎は解けたが、証拠がないため犯人を挙げることが出来ない。そこでコナン達は「空城の計」で事件解決に乗り出し…