▼第１話／誕生▼第２話／本当の世界▼第３話／味方▼第４話／覚醒▼第５話／信頼●登場人物／神名綾人（ラーゼフォンを動かせる唯ひとりの人間）、美嶋玲香（綾人の遠縁にあたる女の子。幼い頃から綾人と一緒に暮らしていて、好意を持っている）、紫東遥（しとう・はるか。国連直属機関TERRA の諜報員。クールを装っていたが、実は諜報部一のドジスパイ）●あらすじ／2015年、東京。神名綾人と美嶋玲香は、まずは平凡な高校生活を送っていた。だがある日、街中に飛来する戦闘機の爆音と共に、戦争が始まった。同時にふたりは、黒服の謎の男たちに襲われる。そこに現れたのが紫東遥という女性。遥は男たちを撃退し、綾人と玲香を東京湾アクアラインへ連れていく。そこには海底に向かう秘密の横道があり、行き着いた先には超古代文明の遺跡があった…!!（第１話）。●本巻の特徴／突如として始まった戦争。そして、東京湾海底の謎の遺跡。現実が飲み込めない綾人と玲香に、紫東は全てを明かす。遺跡はゼフォン神殿と呼ばれ、MU（ムウ）という組織によって管理されていること。そして紫東は、MUと戦う国連直属機関・TERRA （テラ）の諜報員で、綾人を神殿中央の「ゼフォンの卵」に引き合わせるという任務を担っていること。やがて神殿の中央に達した３人は、綾人の出現によって「ゼフォンの卵」が崩壊するのを目の当たりにする。そして、中から現れたのは「時空を司る神」・ラーゼフォンだった…!!●その他の登場人物／如月樹（きさらぎ・いつき。TERRA でオーパーツの研究をしている学者）、七森小夜子（如月の助手。グラマーでお調子者）、如月久遠（樹の妹。ラーゼフォンのパイロット候補だったという謎めいた女の子）、マヤ（MUを統率する女性）●その他のデータ／本編の後には、出渕裕による「あとがき」、百瀬武昭による巻末マンガ「MAKING OF Rah-xephon」を収録。