超大国・神聖ブリタニア帝国に占領された日本＝エリア11。そこに生きる二人の少年、マリオ・ディゼルとルルーシュ・ランペルージ。
日本人がイレヴンとして虐げられるなか、ブリタニア人と日本人のハーフであることを隠し学園生活を送るマリオ。ブリタニアの皇子である正体を隠しながら学園の生徒会副会長として日々を過ごすルルーシュ。
交わることのなかった二人の運命がある事件をきっかけに交差し、復讐と反逆の物語が今、始まる。