海上自衛隊完全協力のもと、シリーズ最高興行収入を記録した第17弾･劇場版名探偵コナンのアニメコミック！
※本作は劇場版『名探偵コナン　絶海の探偵（プライベートアイ）』のアニメコミックス上下巻を２冊にまとめた新装版です。

海上自衛隊のイージス艦体験航海に参加したコナンや蘭、小五郎たち。その訓練の最中、謎の不審船がイージス艦に近づいてきた。その後さらに、艦内で身元不明の人間の腕が発見される。
事件か事故かわからないまま、灰原や阿笠博士、平次や和葉、女性自衛官の藤井七海らと捜査を進めるコナン。やがて、艦内に侵入した某国のスパイ「X」の存在が明らかになる。
「X」の目的は、国防の最高機密であるイージス艦のデータを手に入れること。
そしてついに、コナンが「X」の正体を突き止める。
だが、追い詰められたスパイの刃は、捜査に協力している平次や和葉、さらには蘭にまで向けられる。
交わした約束、守るべき仲間――絶海の緊急ミッションにコナンが挑む！！