遂に地球を救うヒーロー誕生！だが・・・

パンデミックでの種の増殖を企むサラたちを倒し、計画を阻止したスーパーボールガールズ。だが同時に、オウカはイチの元を離れ、エリザたちもイチを人質として国家に捕獲されてしまった。
エリザたちの前に現れたのは、新型不明生物緊急対策本部に属する冷酷な男・皐月。彼はガールズにこう告げる・・・

「この国を救うヒーローになれ！」